Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης ιδρύθηκε με Προεδρικό Διάταγμα τον Δεκέμβριο του 1980 στο πλαίσιο της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης, σύμφωνα με το οποίο περιλαμβάνει πέντε τμήματα: Ζωολογικό, Βοτανικό, Ανθρωπολογικό, Παλαιοντολογικό-Γεωλογικό και Ορυκτολογικό.